Naruto Shippuden
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La seconde partie commence deux ans et demi après ; Naruto, Sakura et Sasuke ont chacun terminé leur apprentissage avec un des trois Sannin, tandis que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto). L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto Shippūden (la version animée) se concentre sur leurs affrontements et la quête de Sasuke pour tuer son frère et le combat de l'Akatsuki contre les force de Konoha.
L'histoire commence avec l'enlèvement de Gaara, devenu kazekage, que l'équipe Gai et l'équipe Kakashi envoyées à la rescousse par Konoha, réussiront à tirer des griffes d'Akatsuki et à ramener à la vie, avec l'aide d'une aïeule de Suna.
Ayant glané un renseignement sur Orochimaru lors de cette mission, l'équipe Kakashi, complétée par Sai, un mystérieux membre imposé par une puissante section occulte de l'ANBU dont la mission secrète est l'assassinat de Sasuke, et par un membre de l'ANBU aux ordres de Tsunade, qui remplace Kakashi alité en tant que chef, part à la recherche d'Orochimaru pour tenter d'empêcher le transfert d'âme. Naruto, face à Orochimaru se transforme en démon renard à 4 queues et fait armes égales avec le Sannin ; Sai choisit ce moment pour trahir l'équipe et débuter sa mission réelle. Les deux missions seront mises en échec par la puissance du « nouveau » Sasuke, mais Naruto, parvenu au repère d'Orochimaru avec le reste de l'équipe retournera le c½ur de Sai, celui-ci voulant de ce fait à tout prix comprendre la nature des liens d'amitié qui poussent Naruto à aller si loin pour Sasuke.
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